Diferensial diagnosis alergi makanan adalah membedakan respon abnormal lain terhadap makanan, yaitu, dari intoleransi makanan, yang dapat terjadi dalam berbagai penyakit lainnya. Diagnosis diferensial mencakup reaksi terhadap bahan kimia tertentu dalam makanan untuk aditif misalnya, histamin atau makanan, keracunan makanan, beberapa penyakit gastrointestinal lainnya, dan gejala psikologis.
Beberapa bahan alami (misalnya, histamin) dalam makanan dapat menyebabkan reaksi menyerupai alergi. Histamin dapat mencapai tingkat tinggi dalam keju, beberapa anggur, dan ikan tertentu, khususnya tuna dan mackerel. Pada ikan, histamin diyakini berasal dari kontaminasi bakteri, terutama pada ikan yang belum didinginkan dengan benar. Ingat bahwa sel mast melepaskan histamin pada reaksi alergi. Jika seseorang makan makanan yang mengandung tingkat tinggi histamin, oleh karena itu, ia dapat mengembangkan keracunan histamin, respon yang sangat mirip dengan reaksi alergi terhadap makanan.
Tipe lain dari intoleransi makanan adalah reaksi negatif terhadap senyawa tertentu yang ditambahkan pada makanan untuk meningkatkan rasa, memberikan warna, atau melindungi terhadap pertumbuhan mikroorganisme. Konsumsi dalam jumlah besar dari aditif ini dapat menghasilkan gejala-gejala yang meniru seluruh rentang gejala alergi. (Meskipun beberapa dokter menganggap hiperaktif pada anak-anak berhubungan dengan aditif makanan, tetapi tidak cukup bukti dan penyebab dari gangguan perilaku masih belum jelas.) Senyawa yang paling sering terkait dengan efek samping dengan alergi makanan adalah jumlah pewarna kuning 5, monosodium glutamat (MSG), dan sulfida. nomor pewarna Kuning 5 dapat menyebabkan gatal-gatal, meskipun jarang. MSG meningkatkan rasa, tapi ketika dikonsumsi dalam jumlah besar, dapat menyebabkan pembilasan, sensasi kehangatan, ringan, sakit kepala, tekanan wajah, nyeri di dada, dan perasaan detasemen. Gejala ini terjadi segera setelah makan sejumlah besar makanan yang mengandung MSG ditambahkan, dan bersifat sementara. Sulfida terjadi secara alami pada beberapa makanan dan ditambahkan kepada orang lain untuk meningkatkan kerenyahan atau mencegah pertumbuhan jamur. Dalam konsentrasi tinggi, sulfida dapat menimbulkan masalah bagi penderita asma parah. The sulfida mengeluarkan gas yang disebut belerang dioksida, yang menghirup asma sewaktu makan makanan yang mengandung sulfida. Gas ini mengiritasi paru-paru dan dapat menyebabkan dalam asma parah penyempitan saluran udara ke paru-paru (bronkospasme), sehingga sangat sulit bernapas. Reaksi ini memimpin US Food and Drug Administration (FDA) untuk melarang penggunaan sulfida sebagai spray-on pengawet untuk buah-buahan dan sayuran segar. Sulfida, bagaimanapun, masih ditambahkan ke beberapa makanan, dan mereka juga terbentuk selama fermentasi anggur.
Makan makanan yang terkontaminasi dengan mikroorganisme, seperti bakteri, dan produk mereka, seperti racun, adalah penyebab yang biasa keracunan makanan. yang tentunya memenuhi syarat sebagai bentuk intoleransi makanan. Dengan demikian, konsumsi telur terkontaminasi, salad, susu, atau daging dapat menghasilkan gejala-gejala yang menyerupai alergi makanan.
